小说的时代背景是清朝末年，故事地点则是莫言小说一贯的山东高密东北乡。当时八国联军攻陷北京，袁世凯镇压义和团，德国人则在山东修建铁路。小说根据当时山东平民反抗德国人因为修建铁路，低价强占人民土地及逼迫人民迁坟移舍的真实故事而写，只是把反抗首领孙文变成了小说中的孙丙。
这小说的结构也很特别，分成三个部分——凤头部、猪肚部和豹尾部。凤头猪肚豹尾本是元代乐府的章法，它要求文章开头像凤头那样美丽、精彩；主体像猪肚子那样充实、丰富，结尾像豹尾一样有力。
《檀香刑》凤头部的四章分别是小说中四个主要人物的独白：眉娘浪语、赵甲狂言、小甲傻话和钱丁恨声。眉娘即孙丙的女儿。赵甲是眉娘的公爹，所谓公爹即家翁——丈夫的父亲。小甲是眉娘的丈夫。钱丁是高密知县，也是眉娘的干爹，实际上却是情夫。
这凤头真的美丽、精彩，莫言的文字功力无疑的已经出神入化。借着孙眉娘的独白，我们马上就认识了书中的几个主要人物，以及他们之间的关系。眉娘开头的第一句话，就立刻能让读者追看下去：“那天早晨，俺公爹赵甲做梦也想不到再过七天他就死在俺的手里。俺更想不到，这个半年前仿佛从天而降的公爹，竟然真是一个杀人不眨眼的侩子手。”第二段，她就提到了她爹孙丙：“爹，你呢，你在那死囚牢里是个什么样子？你还是在唱猫腔吗？”第三段她就提到：“俺的丈夫赵小甲是杀狗宰猪的状元……白天迷迷糊糊，夜晚木头疙。”
接着，钱丁出现了。“俺想起钱丁，钱大老爷，进士出身，五品知县，加分府衔，父母官，俺的干爹，你这个翻脸不认人的老猴精……大老爷，俺豁出去一个比苏州府的绸缎还要滑溜、比关东糖瓜还要甜蜜的身子尽着你耍风流……你为什么就不能放俺爹一马？你为什么要跟那些德国鬼子串通一气，抓了俺的亲爹，烧了俺的村庄……”短短几页，故事的主轴就完全勾勒出来了。或者说读者就自己整理出一个故事大纲了。在猪肚部的时候，作者才从一个全知的角度，详细的给读者讲了一个细节处让人意外，完整但仍没有结局的故事。
赵甲是个告老还乡的侩子手。之前，他在北京刑部当差四十年，是清朝的首席侩子手，砍人头的高手，用他自己的话说，他砍下的人头，比高密县一年生产的西瓜还要多。他精通历代酷刑，以执行酷刑为荣，犯人垂死前的痛楚嚎叫是他的自信源泉。在他的独白里，他自豪的说了他执行刑部自创的酷刑《阎王闩》的细节。后来在猪肚部里，作者又详细的描写了赵甲执行的凌迟酷刑。当中的残暴，我透过文字都感觉透不过气。
眉娘的公爹后来成了执行她亲爹死刑的侩子手。而且在袁世凯和德国总督克罗德的要求之下，他提出了另一个酷刑《檀香刑》，名字美丽，却无比残酷。赵甲要他的儿子当助手。最后，在眉娘的干爹兼情夫的监刑和她的丈夫辅助之下，眉娘的公爹对她的亲爹执行了《檀香刑》的酷刑。在豹尾部，透过赵甲道白、眉娘诉说、孙丙说戏、小甲放歌、知县绝唱五章里的五个主要人物第一人称的叙述，展开了这个骇人听闻的酷刑。
书中德国总督克罗德的一句话应该可以作为这部小说的最佳注脚：“中国什么都落后，但是刑罚是最先进的，中国人在这方面有特别的天才，让人忍受了最大的痛苦死去，这是中国的艺术。“
